虽然臭豆腐中含有丰富的营养价值，MaiGoo小编提醒如果过多食用的话，也是会对人体产生危害的。
臭豆腐属于发酵豆制品，豆制品在发酵过程中会产生甲胺、腐胺、色胺等胺类物质以及硫化氢，此外，胺类物质存放时间长了，还可能与亚硝酸盐作用，生成强致癌物亚硝胺。
臭豆腐在发酵的过程中会产生一种叫做“肉毒梭菌”的毒菌，吃多了会出现头晕、呼吸困难、肌肉乏力等症状。
有些不法商贩在制作臭豆腐的时候，在里面添加硫酸亚铁，这种物质可以使豆腐表面看起来呈黑色的，只要再添加一些其他的臭味物质，就成为了臭豆腐。另外，小作坊制作工艺大多是添加了化学染料、馊水、污水等加工而成的。小商贩油炸的臭豆腐使用的油都是经过反复煎炸的，里面含有大量的致癌物质，对人体健康没有益处。
臭豆腐制作流程比较复杂，对温度和湿度的要求非常高，一旦控制不好，很容易受到有害细菌的污染，轻者会引发人体胃肠道疾病，重者还会导致肉毒杆菌大量繁殖。